Sinh ra ở Paris, Babinski là con trai của một sĩ quan quân đội Ba Lan, Aleksander Babiński (1824–1889), và vợ của ông là Henryeta Weren Babińska (1819–1897)[1], năm 1848 bỏ trốn khỏi Warsaw vì Paris vì triều đại Sa hoàng khủng bố xúi giục để ngăn chặn những nỗ lực của Ba Lan trong việc giành độc lập và phá vỡ liên minh giữa Quốc hội Ba Lan và Đế quốc Nga.

Babinski nhận bằng y khoa từ Đại học Paris năm 1884. Ông đến sớm với Giáo sư Charcot tại Bệnh viện Salpêtrière của Paris và trở thành sinh viên yêu thích của mình.

Charcot chứng minh thôi miên trên một bệnh nhân "cuồng loạn" Salpêtrière, "Blanche" (Blanche Wittmann), người được hỗ trợ bởi Babiński (phía sau). Lưu ý sự giống nhau với hình minh họa trên bức tường phía sau.[2]

Trong thế chiến I, Babinski đã phụ trách nhiều trường hợp thần kinh chấn thương tại Bệnh viện Pitié.Ông là giáo sư thần kinh học tại Đại học Paris.